永信和瑞工程咨询有限公司实行股东会领导下的董事会负责制，董事会下设总裁办，对内掌管公司事务、对外代表公司经营，并统筹管理职能系统、经营系统、产品和解决方案系统、CTO办公室、大湾区公司；另设专项管理委员会负责公司管理，及专业方向引领和质量管控，为公司各领域提供技术支持和专业培训。 

职能系统下设人力资源与行政管理部、财务管理部，负责公司运营管理工作，促进各系统、各部门有效运转。

经营系统下设经营管理部、公共关系部、市场部，全面负责公司经营和市场管理。

产品与解决方案系统下设 设计咨询部、工程监理部、前期咨询部、造价咨询部、招标咨询部。

CTO办公室规划统筹信息化建设、质量管理、业务档案管理、技术研究、技术能力提升管理、资信奖项管理等工作。

大湾区公司下设广州分公司、深圳分公司。

同时公司下设16家直营分公司和多个城市办事处。